Tra il 1841 e 1912 la Francia stabilì sull’arcipelago una colonia e pose le isole sotto l'amministrazione del governatore generale del Madagascar. Più tardi, coloni francesi, compagnie commerciali e ricchi mercanti arabi costruirono un'economia fondata sulle piantagioni, che tuttora sfrutta circa un terzo del territorio per la coltivazione di prodotti da esportazione.
La successiva lotta per l’indipendenza portò l'autonomia governativa per le tre isole, mentre la vicina isola di Mayotte, anche se è da anni reclamata dalle Comore perché parte dello stesso arcipelago, non fa parte dell’Unione poiché volutamente ancora legata alla Francia.
I comoriani hanno un'origine etnica mista arabo-africana. Nella grande maggioranza sono di cultura arabo-islamica, tranne una significativa minoranza sull'isola di Mayotte (i Mahorais), costituita da cattolici fortemente influenzati dalla cultura francese.